当女性感染支原体衣原体后，产生特异性的免疫，但是这种免疫力较弱，持续时间短暂，因此，支原体衣原体感染容易造成持续，反复感染，以及隐性感染。细胞免疫方面，大部分活动性已治愈的衣原体患者，给予相应的抗原皮内注射时，常引起迟发型变态反应。这种变态反应可用淋巴细胞进行被动转移。
　　女性患者多见以子宫颈为中心扩散的生殖系炎症。多数无明显自觉症状，少数重症病人有阴道坠感，当感染扩及尿道时，尿频、尿急是引起病人注意的主要症状。感染局限在子宫颈，表现为白带增多、混浊、子宫颈水肿、充血或表面糜烂。感染扩及尿道表现为尿道口潮红、充血、挤压尿道可有少量分泌物外溢，但很少有压痛出现。
　　女性支原体衣原体感染后，支原体衣原体首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于支原体衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。女性支原体衣原体感染的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
　　男性衣原体感染一般潜伏期比淋病长，约1到3周或数月，主要表现为尿道内不适，刺痛及烧灼感，并伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿痛较淋病为轻。
　　衣原体可以通过性接触进行传播，感染男性的尿道，引发特发性附睾炎、前列腺炎、直肠炎、导致男性不育等。衣原体感染约有70%的患者无明显的症状，有些患者临床表现较轻。男性衣原体感染引起的非急性化脓性尿道粘膜炎性病变称为男性衣原体性尿道炎，又称为非淋菌性尿道炎。男性衣原体性尿道炎潜伏期比淋病长，约1到3周或数月，主要表现为尿道内不适，刺痛及烧灼感，并伴有不同程度的尿频、尿急、尿痛，尿痛较淋病为轻。尿道口轻度红肿并有浆液或粘液脓性分泌物，稀薄而量少，长时期不排尿或早晨首次排尿前可见尿道口分泌物污染内裤，并可见尿道口有“糊口”现象；分泌物少时，于晨起挤压尿道才流出少量粘液。
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