衣原体是一种既不同于细菌也不同于病毒的一种微生物，属于原核类生物。主要是通过性接触传播，衣原体感染人体后，进入粘膜细胞内生长繁殖，引起可引起尿道炎、附睾炎、直肠炎，子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔炎、尿道炎等。最终导致不孕不育、宫外孕、流产早产、死胎等。
　　根据抗原构造、包涵体的性质、对磺胺敏感性等的不同，将衣原体属分为沙眼衣原体、鹦鹉热衣原体肺炎衣原体三个种。衣原体具有以下特性：有DNA和RNA两种类型的核酸；具有独特的发育周期，类似细菌的二分裂方式繁殖；具有粘肽组成的细胞壁；含有核糖体；具有独立的酶系统，能分解葡萄糖释放CO2，有些还能合成叶酸盐，但缺乏产生代谢能量的作用，必须依靠宿主细胞的代谢中间产物，因而表现严格的细胞内寄生。
　　衣原体与细菌的主要区别是其缺乏合成生物能量来源的ATP酶，也就是说衣原体自己不能合成生物能量物质ATP，其能量完全依赖被感染的宿主细胞提供。而衣原体与病毒的主要区别在于其具有DNA、RNA两种核酸、核糖体和一个近似细胞壁的膜，并以二分裂方式进行增殖，能被抗生素抑制。
　　首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
　　武汉李小平中医温馨提醒：当人体感染支原体、衣原体后，产生特异性的免疫，但是这种免疫力较弱，持续时间短暂，因此，衣原体感染容易造成持续，反复感染，以及隐性感染。细胞免疫方面，大部分活动性已治愈的衣原体患者，给予相应的抗原皮内注射时，常引起迟发型变态反应。这种变态反应可用淋巴细胞进行被动转移。此种免疫性很可能是T细胞所介导。体液免疫方面，在衣原体感染后，在血清和局部分泌物中出现中和抗体。中和抗体可以阻止衣原体对宿主细胞的吸附，也能通过调理作用增强吞噬细胞的摄入。