大部分孕妇可以没有临床症状，有的很轻微，常被病人所忽视，只有少数人会有不适。
　　1 衣原体性宫颈炎：症状与一般宫颈炎或非孕期的感染很相似。如脓性白带，检查时宫颈明显充血水肿，有糜烂及出血；若见到黄色脓性分泌物从宫颈管流出很有诊断价值。妊娠期因激素作用，使颈管的柱状上皮向外生长，增加了衣原体的吸附部位，使宫颈的感染机会更多。
　　2 孕妇胎膜早破、早产，甚至胎死宫内等不良的妊娠结局：不少学者曾经对是否有衣原体感染的孕妇进行了对照比较，发现患沙眼衣原体的孕妇胎膜早破率高、早产率高，尤其是衣原体所致宫颈炎血液检查发现沙眼衣原体的免疫球蛋白M抗体水平升高、经期内有活动性感染的孕妇胎膜早破、早产以及低体重新生儿的发生率均明显增高。
　　3 泌尿系统感染：孕妇出现明显的尿急、尿频、尿痛现象，但一般细菌培养阴性。检查时看见尿道口明显充血时，可能是衣原体感染所致，应做衣原体检查。
　　4 产后子宫内膜炎：对感染了沙眼衣原体的孕妇，做人宫流产或刮宫，甚至自然分娩，均可因衣原体沿生殖道上升播散形成子宫内膜的炎症，表现为产后低热、恶露浑浊、下腹疼痛与子宫的明显压痛。因此，对产前诊断或者怀疑有衣原体感染的病人，术前必须用药物控制感染后再做手术。
　　此外，感染衣原体后，新生儿出生后会引起急性结膜炎、肺炎、中耳炎等继发感染。因此，必须在早孕时及时作出诊断，以便决定是否继续妊娠。